Действие происходит в современности и описывает судьбу обычного служащего компании Окадзимы Рокуро,которому поручили доставку диска.В восточно-Китайском море на корабль,перевозящий диск и его сопровождающего,было совершено нападение пиратами,нанятыми русской мафией,для похищения информации с диска.Самого Рокуро берут в заложники с последующим требованием выкупа за его жизнь.Но из-за информации на диске,которая была слишком компрометирующей,что начальство компании решается на уничтожение пиратов вместе с Окадзимой и диском.Чудом оставшись в живых и сохранив жизни пиратам Рокуро решает примкнуть к пиратам и становится матросом на торпедном катере «Black Lagoon».Корабль пренадлежит маленькой компании по доставке грузов «Лагуна», которая иногда «нарушает закон».Наиболее тесные взаимоотношения эти курьеры ведут с могущественной группировкой русской мафии «Отель Москва» во главе с Балалайкой(Balalaika—бывшый офицер советских ВДВ, после развала Советского Союза собрала своих бывших солдат, для формирования самой мощной (в Восточной Азии) криминальной структуры), но и готова сотрудничать со всеми кто готов заплатить.Её офис расположен в городе Роанапра в Таиланде, криминальной столице Юго-Восточной Азии.В компании работают:Реви(Revy)Ребекка-боевик «Лагуны», китаянка американского происхождения, отлично владеет двумя парными Beretta 92F,Датч(Dutch)-глава «Лагуны» и владелец торпедного катера PT, когда-то принадлежавшего американским ВМС,Бенни(Benny)-хакер и специалист по электронике на «Чёрной лагуне», отвечает за радар и системы связи.